自去年12月10日开关以来，截至今年12月7日，洋山海关共监管进出口货物达421.8亿美元，受理进出口报关单115.91万票，进出口中转5.19万批，进出口转关货物2.21万票，
监管进出境国际航行船舶2005艘次，进出境人员49391人次，监管进出口集装箱逾326.87万标箱，国际中转集装箱近3.14万标箱，监管“穿梭巴士”1386艘次，办理减免税货物56批，减免税额达人民币8970万，受理保税港内建设用基建物资出口退税货值6904万美元，洋山海关征税额已达125.24亿元人民币。
鉴于洋山保税港区是一个全新的现代化港口，传统的口岸管理和海关作业模式将无法适应其发展需要，为了有效提高海关的管理效能，促进洋山保税港区集聚政策和主体功能的发挥，根据洋山保税港区的功能定位，洋山海关紧密依托现代信息技术手段，针对不同区域的货物采取卡口分道、货物分流、区域分设、程序分列的管理方法，实行“一线放开、二线管住、区内自由”的封闭化、信息化、集约化的监管模式，努力做到手续简化、通关便捷、物流畅通、运作高效，逐步实现与国际惯例接轨，成为全国海关改革创新的“试验田”和海关现代化管理的“示范点”。
洋山海关不断完善洋山深水港直接进出口的货物通关监管模式。由于洋山保税港区港口区域腹地较小，岛上港口区域内无法设置查验场地，为了避免货物上岛后再下岛接受查验，优化出口“先报关后进港”的通关模式，减少了货物在陆地和港口间的往返。并参照国际自由港、自由贸易区的先进管理理念和管理模式，将洋山保税港区中的港口作业、保税加工、保税物流三个功能区作为一个有机整体进行监管，按照“一体化”管理要求简化进出境备案手续，通过信息交互手段，创新保税港区海关监管模式，积极推动启运港退税在洋山保税港区实施。为了进一步推动洋山保税港区健康、快速发展，5月，洋山海关提出了支持洋山保税港区发展的八条措施，并通过各项措施的落实到位，进一步提高洋山保税港区的通关效率。
洋山海关以“整体监管链条不断”为目标，采取应转尽转、简化和规范转关运输、对国际中转货物实施“7×24”小时通关、内支线中转货物“5+2天”通关工作制以及预约加班等措施有力促进了洋山港国际中转和内支线中转业务的发展。8月，启用“驳运船舶管理系统”，实现了长江沿岸至洋山港区的江海联运，通过电子数据传输核对、系统自动甄别方法，对“穿梭巴士”承运货物（主要为中转货物）实施有效监管。9月，洋山海关加入长江沿线海关区域通关改革，与南京、杭州、宁波、合肥、南昌、武汉、长沙、重庆、成都等长江沿线海关顺利实现跨关区“属地申报，口岸验放”。加强与兄弟海关联系配合，确保转关货物进港退税的有效落实。支持和协助港务部门和铁路部门促进江海联运、海海联运、海铁联运等物流集疏运模式的发展，使洋山保税港区真正成为长三角、长江流域、全国乃至全球的物流集散枢纽。
由于洋山口岸40%的进口货物和99%出口货物在航交所申报，洋山海关实施“5+2天”通关工作制，对出口实货放行、进出境船舶监管、卡口值守等环节实行“7×24”小时全天候作业，对货物查验实行“两班工作制”，全力以赴确保365天通关、确保当天单证当天清、确保突发事件及时启动应急处置、确保二期码头顺利开港运作。现在，出口货物的装船率已达到99.6%，出口货物当日放行率更达100%。
洋山海关充分发挥海关物流监控信息平台功能，提高电子地磅、GPS车辆管理系统和H986集装箱检查设备等监管资源的综合运用能力和使用效率，对物流数据进行跟踪和监控。密切相关口岸单位的配合，大力推动洋山保税港电子联网监管平台项目建设，积极探索电子提货单等电子通关方式，提高洋山口岸电子通关效率。不断探索适应洋山保税港内进行保税仓储、配送、分拨和加工的货物的信息化监管操作系统。运用风险管理机制，在对企业信用状况科学、客观评估基础上实施差别管理，对诚信企业采取诚信管理的模式，最大限度地简化手续。今年3月，洋山海关开始试行“卡口即决式布控”，充分发挥海关物流监控信息平台功能，完善卡口应急处理机制，加强卡口风险防控，确保进出卡口物畅其流。现在洋山保税港区进出口卡口通道实现了无人值守，卡口每天有8000多标箱集装箱进出，集装箱卡车在卡口通道的平均停留时间已在6秒以内。
洋山保税港区实现了保税区、出口加工区功能、政策的拓展，在更高层次上参与到国际竞争，吸引众多国内外知名企业的目光。目前，已在洋山海关办理企业注册手续的保税港区内企业有9家，其中不乏叶水福临江物流（上海）有限公司、上海海博斯班赛国际物流有限公司等新加坡、北美知名物流企业，注册资本11亿美元，入驻企业业务开展顺利，规模不断扩大。上海盛东国际集装箱码头有限公司是第一家入驻保税港区的企业，自今年2月入驻以来其为港口自用减免税设备进区业务开展良好。外商独资的施洁医疗技术（上海）有限公司是第一家落户在洋山保税港内的开展加工贸易的企业，隶属世界最大的为医疗设备、食品安全行业提供消毒与电离外包服务的美国PPM资本公司，投资总额为1825万美元，区内占地面积约2万平方米。该司除了作为施洁国际公司亚太地区医疗产品加工和物流中心外，还将成为施洁国际公司的亚太区总部。