为实现进出区货物的快捷通关、高效信息化运作，黄岛海关在园区内建立了独立的现代化信息系统，与海关的物流平台对接并和各口岸执法单位及关联单位联网，使海关处于信息监控的中心位置。目前，系统已正式投入使用。这一系统通过电子口岸实现了物流园区信息平台与H2000的数据交换，使区内企业可通过"电子口岸"办理网上报关、网上付税等海关业务，实现了对货物流与信息流的实际印证，确保了货物的快速流动和海关对园区内货物的有效监管。
对进出园区的货物采用"报关与电子备案相结合"的申报制度，实现进出园区货物"一线放开，二线管住"。即对于进境入区和出区出境的"一线"货物，以企业电子账册为单元进行电子备案，准确掌握企业实际库存，简化通关环节、提高通关速度，同时允许企业只需在园区信息系统中备案即可将存放的货物在园区仓库之间自由流通，无需采用报关单形式，实现了真正的货物自由流动；而对进口出区和出口入区的"二线"货物，则采用正常报关模式。这样一来，大大方便了企业，提高了通关效率。
与此同时，黄岛海关为企业进行"量体裁衣"式监管。比如针对大宗货物货运量大、运输时间长的特点，准许其凭移动证先行入区，让货物先行入区存放。对于鲜货、易腐货物，则优先通关，确保货物质量。
通关环境的不断优化,使保税物流园区发展速度迅猛。据了解，目前已有省内外14家企业落户园区，多家大型加工贸易企业选择在物流园区开办业务，多家世界500强企业也纷纷以青岛物流园区作为货物流转地。