上海外贸企业曾抱怨自去年年底相继遭遇比较明显的通关排队现象。上海市口岸工作领导小组办公室主任周厚文今天披露的一组数据证明了海关存在效率问题。他指出，上海相对短缺的监管资源难以适应口岸业务高速增长的需求。近年来，上海海关业务量增长25％，但人员编制只增长4％。
他批评，上海传统的通关模式难以满足口岸物流高速发展的需要。现代物流要求快速准确、简约集中，表现为跨国企业外包了物流环节。但是传统的通关模式坚持多单多报、纸质单证流传、人工审单、细化申报，仍然认定实际收发货人为进出口货物的主体。
上海通关优惠政策覆盖的企业面被认为还不够广泛。目前，上海有进出口企业21000家，其中与海关签订“无纸通关协议”的企业有1600家，为总数的8％；获得“便捷通关”资格的企业有72家，百分比为总数的0.0034％，几乎可以忽略不计。没被优惠的普通通关企业占据总数的92％。
上海口岸信息化建设呈现条块不平衡，口岸通关企业的信息化水平相对较低，应用程度不高，而且参差不齐；地方电子口岸平台不能互联互通。
上海通关业务受理场所布局不尽合理，海关现有41处、检验检疫有29处、海事有3处、边检有9处。口岸查验单位行政成本高，通关环节相互分离，通关单证流转不畅；银行、外汇、保险等金融配套功能不能满足需要，“一门式”场所难以提供快速便捷的通关过程。
据统计，上海2100家航运物流企业只有10％属于大中型企业，报验关企业大多规模小；由于报酬低，这些企业的人员流动十分频繁，直接后果是通关申报质量差，而口岸中介代理企业的服务不规范又导致通关梗阻。
周厚文最后批评上海口岸的综合管理法制建设滞后，缺乏整体系统性、明显脱节于现实。他的这一观点源自大部分法规的制定日期是上世纪80年代至90年代初，带有较为强烈的计划经济特征。
据周厚文介绍，上海口岸于2006年6月启动了“大通关”工程，建立了统一的地方电子口岸平台，创新了通关模式，对三高一大企业的进口货物实行了便捷通关，简化了企业的通关环节、节省了通关时间、提高了通关效率。但是高速增长的进出口贸易和货物吞吐量对上海口岸通关环节形成了新的压力；区域“大通关”联动协作的深入，对上海口岸进一步发挥聚集和辐射作用提出了新的需求；广大企业和社会公众对上海口岸查验单位转变通关监管理念、提高通关效率，具有普遍的期待。企业普遍认为，口岸通关监管应该在确保口岸安全的前提下，积极改进工作。
周厚文认为，上海应该借鉴发达国家的经验，推动实施风险管理；推动口岸查验单位的联动协作、强化信息化手段对优化口岸通关环境的技术支撑、整合优化口岸通关服务场所、加强通关中介代理服务企业诚信建设、推动口岸综合管理法制建设、按差别分类建设与推进区域“大通关”联动协作机制。