2006年1月1日，我国政府根据加入世界贸易组织的关税减让承诺，进一步降低了100多个税目的进口关税税率，关税总水平为9.9%。部分税目调整，税目总数由2005年的7550个增加到7605个，同时，停止了对纺织品征收出口关税。
同日，对煤焦油、生皮、生毛皮、蓝湿皮、湿革、干革停止出口退税；将25种农药、分散染料、汞、钨、锌、锡、锑及其制品，金属镁及其初级产品，硫酸二钠，石蜡的出口退税率下调为5%。
3月21日，经国务院批准，财政部、国家税务总局发出通知，规定从当年3月14日起暂停出口汽油和石脑油的增值税退税。
3月28日，海关总署发布修改以后的《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》，从当年5月1日起施行。
4月1日，经国务院批准，国务院关税税则委员会将精炼铜及铜合金的出口暂定税率由5%调至10%，铜材的出口暂定税率由0调至10%。
5月27日，经国务院批准，国务院办公厅发出通知，转发商务部、国家税务总局等9个部门报送的《关于“十一五”期间加快转变机电产品增长方式的意见》。意见中提出：适时调整机电产品的出口退税率，鼓励高技术含量、高附加值机电产品出口。
9月14日，经国务院批准，财政部、国家发展和改革委员会、商务部、海关总署、国家税务总局发出《关于调整部分商品出口退税率和增补加工贸易禁止类商品目录的通知》。通知中规定：一、取消部分商品的出口退税，如煤炭、天然气、石材料、有色金属、细山羊毛、木炭等。二、降低部分商品的出口退税率，如钢材的出口退税率由11%降至8%，水泥、玻璃的出口退税率由13%降至11%，陶瓷的出口退税率由13%降至8%。三、提高部分商品的出口退税率，如重大技术装备和部分信息技术产品的出口退税率由13%提高到17%，部分以农产品为原料的加工品的出口退税率由5%或11%提高到13%。四、将所有取消出口退税的商品列入加工贸易禁止类目录，并对此类商品进口一律征收进口关税和进口环节税。上述规定从当年9月15日起执行。同时，对9月30日前备案的9月15日前已签订的合同，如货物在12月15日前出口的，可选择使用原有退税率。
10月27日，经国务院批准，国务院关税税则委员会发出《关于调整部分商品进出口暂定税率的通知》。通知中规定：一、对计算机直接制版机器、纺织机械零部件、具有变流功能的半导体模块等7项设备或者零部件实施0至3%的进口暂定税率；对煤炭、成品油、氧化铝等26项资源类产品实施0至3%的进口暂定税率；对肥料用硝酸钾、重过磷酸钙等16项化肥类产品实施1%的进口暂定税率，尿素等3项化肥类产品的关税配额税率暂定为1%；对蓝湿牛皮、蓝湿马皮等6项蓝湿皮革类产品实施5%~12%的进口暂定税率。二、对磷灰石、稀土金属矿、金属矿砂等44项矿产品实施10%的出口暂定税率；对煤炭、焦炭、原油等4项资源类产品实施5%的出口暂定税率；对铜、镍、电解铝等11项有色金属初级产品实施15%的出口暂定税率；对铁合金、生铁、钢坯等30项钢铁及铁合金初级产品实施10%的出口暂定税率；对稀土化合物、木地板、一次性筷子等21项产品实施10%的出口暂定税率。上述规定从当年11月1日起执行。
12月19日，经国务院批准，国务院关税税则委员会发出《关于2007年关税实施方案的通知》。通知中规定：降低进口税则中44个税目的税率(税率总水平降至9.8%，其中农产品15.2%，工业品8.95%)；调整部分进口商品的从量税税率；进口税则普通税率不变；出口税则税率不变；调整部分税则税目，税目总数增至7646个；调整进境物品进口税政策。