为了适应区内企业全球代工及48小时交货的业务需求，上海海关在松江出口加工区实施了“提前报关、舱单后核；即时提货、机场直递；实时监控、卡口验放”通关模式，空运货物从飞机降落到运至加工区的物流时间由原来72小时缩至4小时，其中海关通关环节不到10分钟。扩大无纸通关范围，目前已有46%的进出区货物采用无纸方式申报。在海运进、出口环节和特定区域逐步推广“放行交单”作业模式，每批单证的周转时间由1小时降为30分钟，海关接单作业环节减少一半，每票单证的海关作业时间约1至2分钟。目前已对98.5%的出口单证和44.1%的进口单证实施了放行交单。对空运出口货物和海运进口整箱货物实施“一次放行”作业模式，空运出口货物实行加工区直接验核放行，海运进口整箱货物实施企业电子申报后凭海关查验放行通知书直接提货，有效加快了货物通关速度。
针对加工区内企业备案种类多、频率高且时效要求强的特点，上海海关充分利用区内局域网，开展企业联网备案试点工作，实现企业产品报备、原料入区到成品出区全程网络化管理。目前，区内已有7家大型企业实施联网备案，总备案量占全部企业的95%。实现“一次申报、多点接收”，从企业发送帐册报文、外资委审批到海关审核所需时间由原来3－4个工作日缩短至半小时。与检验检疫部门联网运行“电子通关单联网核查系统”，对区内90%的出境货物实施了“电子通关单联网、纸质通关单后补”模式，出口货物无纸验放时间仅为15分钟。
在封关运作伊始，上海海关即对松江出口加工区实施了围网管理、摄像监控、进出区车辆GPS监控等措施，近年又进一步借助科技手段严密监管——
以电子化卡口载货信息取代人工登记，使货物平均加封速度由6分钟/批缩短至2.5分钟/批。将GPS监控范围扩大至所有海、空运货物，实现对货物在双向卡口间运输的全程跟踪，其中进口货物的GPS年均核销率达94.32%。在全国率先开发运行“特殊监管区间货物调拨管理系统”，并推广至6个出口加工区、保税区和保税物流园区的100余家企业。实行“一次申请、集中报关”，实现特殊区域一体化监管，货物调拨时间从原来24－72小时缩短至2—3小时。此外，上海海关还与浦东国际机场成功实施了双向电子施封和解封，确保实际监管到位。