2005年11月，为适应长三角区域经济和区域物流的一体化发展需要，长三角启动区域通关改革试点。与原有的“两次申报、两次放行”通关方式相比，通关手续大为简化，企业大大节省了物流和通关成本。
2006年10月，为更好发挥长江黄金水道的运输功能，区域通关改革向长江中上游推进。2006年9月，武汉海关正式启动与长三角地区区域通关合作，实行“属地申报、口岸验放”方式，货物快速分流，有效降低了企业物流、通关成本。
据了解，2006年10月以后，区域通关改革的合作范围已经扩展到长江沿线10家海关。尽管如此，长三角中上游通关效率仍然有待提高。重庆一份名为《关于改善我市外商投资环境的调查报告》指出，“重庆市运输物流水平较低，特别是长江黄金水道，利用效率不高，对企业货物进出口有一定影响。”
为此，重庆明确，要进一步推进“大通关”和“大通道”建设，推动实施长江流域区域通关，以缩短通关时间，提高通关效率。事实上，这已是长江中上游更多海关的需要。
记者获悉，为进一步发挥上海长江口岸地位，今年上海海关将坚决落实转关运输“应转尽转”要求，并探索建立以武汉、重庆等港口为转运枢纽、分流进出口货物的转关运输体系，扩大上海口岸的辐射半径。研究国际拆拼货的转运业务、海空联程国际转运等新型物流业务，发挥上海口岸的枢纽功能。