长三角区域“大通关”建设协作的主要内容包括：在国家有关部门支持下，探索苏浙沪三省市地方电子口岸平台逐步实现互联互通和信息共享，形成联网申报、核查和作业的通关协作机制；探索实现跨关区、跨检区的申报、审单、验放协作机制，对信誉好的企业实施“属地申报、口岸验放”的区域通关模式，探索实行异地报检，推进区域通关模式创新，规范和简化长三角区域转关运输监管；探索建立代理企业诚信守法等级评估互认制，推进长三角区域内进出口代理市场建设；探索建立长三角区域便捷通关企业统一认定标准和管理互认机制的可行性；四关(即上海、南京、杭州、宁波海关)四检(即上海、南京、杭州、宁波出入境检验检疫局)分别互认便捷通关企业名录，对长三角区域内便捷通关企业实施便捷通关措施；建立三省市“大通关”信息沟通联系制度。
党中央、国务院已将推动长三角地区联动发展上升为国家战略。因此，加强长三角区域“大通关”协作，整合长三角口岸资源，发挥区位整体优势，提升口岸功能，提高对外开放水平，既是加强长三角区域合作的重要内容，也是贯彻科学发展观、完善对外开放新格局、促进区域经济联动发展的内在需求，更是落实党中央、国务院鼓励东部地区率先发展战略的重要举措。