据上海口岸工作领导小组办公室主任周厚文介绍，上海口岸“十一五”提升信息化水平的重点工作就是借鉴新加坡“电子港”经验，加快建设上海电子口岸统一的信息平台，即把上海电子口岸建设成为以口岸通关执法管理为主，逐步向相关物流商务延伸的大通关、大物流、大外贸的统一信息平台；将口岸各部门、单位和企业大通关核心流程及相关物流商务程序整合到上海电子口岸平台上，实行全国“统一认证、统一标准、统一品牌”；通过“一点接入”上海电子口岸平台，实现互联互通与信息资源共享。
“十一五”期间，上海将进一步推广大型加工贸易企业联网监管以及中小型加工贸易企业电子化管理系统，扩大特殊监管区域联网系统应用范围，形成上海口岸较为完善的加工贸易和保税电子化管理体系；继续着重推进海运集装箱进口提货单电子化和出口十联单等一批重点应用项目建设。
一批具有上海地方特色的口岸信息化项目也列入了“十一五”规划，包括上海口岸集装箱国际中转系统、口岸综合管理服务信息系统、洋山保税港区保税监管服务信息平台以及空港口岸综合服务信息平台建设等。
另据上海海关介绍，“十一五”期间，上海电子口岸的覆盖范围将进一步拓宽，首先要推动与长三角和长江流域主要口岸城市互联、长三角区域内地方电子口岸的互通和对接，逐步在长三角区域实现税费电子支付一体化。