据介绍，这一新型核查系统是以出口加工区目前已有的特殊监管区域的围网隔离设施和全天候卡口监管设施为依托，以区域信息化管理系统为平台，提取企业原始数据进行实时比对，缩短了核查周期，从而做到了“如实申报、据实核销”，防止了企业因多报保税料件消耗量造成的偷漏税收情况。
此前，上海海关是通过将企业生产的成品折算成料件的方法，逆向推算进口保税料件的消耗量。但由于出口加工区等特殊监管区域内的企业多为超大型信息技术企业，料件和产品的数量大、种类多，变更频繁，企业向海关办理保税料件的耗料量的备案和变更手续工作量非常大，且效率低，也容易多报保税料件的耗料量，从而造成偷税漏税。
使用新型核查系统后，海关根据企业发送的产品加工清单，直接从企业生产过程中实时采集原材料消耗、成品、半成品数据，进行顺向计算核查所用保税料件的消耗情况，从而使核查数据更加真实准确，过去企业申报误差高达百分之三，现在降低至十万分之三。随着海关新型核查系统的推广使用，将促进高新技术类加工贸易健康快速发展。