长三角16城市地跨苏、浙、沪两省一市。目前，该地区的进出口贸易分别由上海、南京、杭州、宁波四个直属海关实施监管。为主动适应长三角区域经济和区域物流的一体化发展要求，发挥长三角对内地经济的辐射带动作用，根据海关总署的统一部署，长三角区域通关改革试点于2005年11月21日正式启动，并于2006年10月1日将合作范围扩展到长江沿线十海关，涉及七省二市。
实行区域通关改革前，收发货企业为办理跨关区转关业务，或者选择在货物实际进出境口岸办结全部海关手续，并奔波于企业所在地和口岸之间；或者选择采用转关运输方式，在口岸海关和内陆海关进行“两次申报、两次放行”，手续较为繁琐。实施区域通关改革后，转关通关手续较之从前大为简便。
首先，转关申报及审核的自动化程度显著提高，并进一步规范。现在，企业申报转关后，海关计算机系统将自动审核转关申请，并在大多数情况下自动办理放行操作，减少了对原先人工作业的依赖程度。只要申报内容符合规定，不违反国家在贸易政策上的限制，海关原则上都同意转关，不同意转关的，须上报核准，并注明原因。这一做法充分尊重企业的自主选择权和物流规律，确保了货物“应转尽转”。此项措施实施以来，长三角区域转关运输比以往更顺畅、更快捷。以上海口岸为例，截至今年10月底，上海海关共监管长三角区域的进出口转关货物874671批，同比增长了36.2%；其中，长三角16城市的转关货物共815354批，占上海海关监管长三角区域进出口转关货物的92％。
其次，对于守法水平较高的企业，海关还提供了更便捷、更高效的选择——“属地申报、口岸验放”模式。按照这一模式，跨关区通关企业在向当地海关报关后，可直接由口岸海关实施验放，货物在两地间的运输也无需由海关监管车辆承运，实现“一次申报、一次放行”，通关速度明显加快，通关成本得到降低。以2005年12月1日第一票属地申报进口业务——江苏无锡阿尔卑斯电子有限公司进口的一批机器设备为例，从江苏无锡海关接单审核到上海吴淞海关口岸放行，所有的海关通关手续仅用1个多小时就全部完成。现在，采用“属地申报、口岸验放”模式的企业从当地申报到在口岸办结所有海关手续，所需时间已不到1个小时，而改革前至少需要半天到一天。
中国嘉兴外轮代理有限公司总经理俞伟光用四个“不用”，生动形象地描绘了“属地申报、口岸验放”模式给企业带来的实效。“不用那么勤快地跑口岸海关了，不用在口岸海关报关大厅排队等候了，不用非要等到海关监管车辆再能运货了，不用再进属地海关的监管场地了。”2006年1-10月，长三角16城市通过“属地申报、口岸验放”通关模式已累计进出口货物1428批，价值3.85亿美元。
根据2006年7月海关总署召开的“区域通关改革阶段总结暨推广工作会议”精神，为让更多的企业获得改革带来的便利和优惠，试用“属地申报、口岸验放”模式的企业准入门槛已作调整，由原来的AA类改为信誉评级为A类以上的企业。截至今年10月底，长三角地区试点企业数量已由改革初期的24家增加到目前的146家，其中，上海关区7家，南京关区66家，杭州关区67家，宁波关区6家。
近年来，长三角两省一市的对外贸易快速发展。2005年，长三角地区进出口贸易总额高达5746亿美元，同比增长25.8％，占全国对外贸易总额的40.4％。实施长三角区域通关改革是海关主动适应长三角区域一体化大发展而推出的重大改革举措。通过信息联网、数据共享、联网监管、区域联动，长三角区域通关改革有效消除了因行政区划和关区分立造成的物流障碍；以企业守法便利为导向，实现了口岸货物的快速分流，简化了海关手续，降低了物流成本，提高了通关效率，得到广大企业的普遍欢迎。宝山钢铁股份有限公司贸易分公司报关报验部经理李清对此深有感触：“区域通关改革极大地提高了单证的运行速度，通关效率提高了，还节约了大量人工与成本。”
根据有关会议精神，海关总署已明确上海海关作为长江沿线区域通关改革的牵头单位，改革范围向长江中上游地区进一步拓展。2006年3月和6月，经海关总署批准，合肥海关、武汉海关先后加入长三角区域通关改革试点；2006年9月，重庆、成都、长沙、南昌等4个海关加入改革，长三角区域通关改革的范围已由最初的4个直属海关扩大至10个。据上海海关有关负责人表示，下一步在海关总署的统一部署下，全国海关将在广度上和深度上进一步推进区域通关改革，优化海关资源配置，提高通关效率，增强执法统一性和规范性，以主动适应国家区域发展战略对海关履行把关和服务职能的要求。
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