《中华人民共和国海关进出口货物集中申报管理办法》（第169号署令），自2008年5月1日起施行。从规范对象看，169号署令主要针对通过口岸直接进出的鲜活商品、书报杂志和保税货物等三类特定货物。其中“保税货物”限定于通过“公路口岸”进出境并侧重于保税加工范畴的货物（即加工贸易项下的保税货物），不包括侧重于物流配送、分拨的货物（如保税区、保税港区、保税物流园区等海关特殊监管区域和保税物流中心、保税仓库、出口监管仓库等保税监管场所的货物）。对于保税物流货物，169号署令并未明确如何集中申报，只在第十九条作了较为笼统的表述，“中华人民共和国境内其他地区进出海关特殊监管区域、保税监管场所的货物需要按照集中申报方式办理通关手续的，除海关另有规定以外，比照本办法办理。”
也就是说，海关特殊监管区域和保税监管场所集中申报的货物，如果本身有规定，从其规定（为了便于理解，可称之为“特殊规定”）；如果没有规定，就按照169号署令的有关规定（可称为“一般规定”）办理手续。显然，特殊规定和一般规定之间存在衔接与适用的问题。因此，要解决这一问题，必须了解海关特殊监管区域和保税监管场所在集中申报方面与169号署令存在哪些共性，自身又有哪些个性规定以及如何操作。
集中申报的基本要素
必须经海关备案。
备案虽然不属于行政许可，但必须符合法定条件，包括备案的海关和手续，备案的适用范围（如限定的三类货物），备案的资格条件（如主体资质、担保措施等），备案途径（如用法定格式的《适用集中申报通关方式备案表》）。
主体是具有特定资质的进出口收发货人。
根据《中华人民共和国海关对报关单位注册登记管理规定》（第127号署令），海关管理相对人主要是报关单位，分为进出口收发货人和报关企业。报关企业不具备集中申报的主体资格，即使是进出口收发货人，也不是全部可以采用集中申报通关方式，下列三类是被禁止的：（1）涉嫌走私或者违规，正在被海关立案调查的收发货人；（2）因进出口侵犯知识产权货物被海关依法给予行政处罚的收发货人；（3）适用C类或者D类管理类别的收发货人。
范围限定三类货物。
根据169号署令第三条规定，只有下列三类货物才能集中申报：（1）图书、报纸、期刊类出版物等时效性较强的货物；（2）危险品或者鲜活、易腐、易失效等不宜长期保存的货物；（3）公路口岸进出境的保税货物。其中（3）加工贸易项下保税货物采用海运、水运、空运和铁路运输方式，不得实行集中申报。上述三类货物包括进口和出口两方面。
另外，根据169号署令第九条第二款规定，“收货人在运输工具申报进境之日起14日后向海关申报进口的，不适用集中申报通关方式。收货人应当以报关单向海关申报。”即滞报货物不能实行集中申报。因此，即使集中申报的主体具备上述资格条件，货物在第三条规定的范围内，如果到港超期未报，也不能采取集中申报方式。
地点限于同一口岸。
在两个或两个以上的口岸进出口的货物，应当分别单独报关，不得集中申报。“同一口岸”，应指报关单“进/出口口岸”项下填制的海关名称和4位代码都相同的口岸。目前有的地方政府将同一行政区域内邻近的港口整合成一个大港口，在国际上采用同一港口代码，如宁波港和舟山港合并为宁波—舟山港。但宁波港和舟山港分属两个不同的主管海关，不属于上述所指的“同一口岸”。即使是同一收发货人名义下的货物，如果在宁波港和舟山港分别进出口，也不能采用集中申报方式。在不同直属海关，以及在同一直属海关下辖的不同主管海关进出口的货物，不能采用集中申报方式。
方式是先分批进出，后集中申报。
分批进出采用的单证是集中申报清单，集中申报采用的是报关单。如果先采用报关单申报，后分批提货，属于“集中办理手续”，但不能称为“集中申报”。既然有先后顺序，就存在税率、税率适用日期的问题。这是学习掌握集中申报管理规定一个非常重要的内容，后面会进行分析。
属特定主体在特定范围、特定条件下使用的特殊通关模式。
集中申报的适用范围是受控制的，并非普遍适用，因为通关作业方式的整合主要以电子通关为突破口和改革方向，集中申报方式只能作为解决特殊情况的一种特殊申报方式。
通过上述分析，可以看出集中申报涉及的基本要素有：主体资质，适用范围，形式，单证填报规范，集中申报的期限，集中申报税率、汇率的计征日期等。
海关特殊监管区域的集中申报
海关特殊监管区域与境外之间直接进出的货物（即通称的“一线”），全部采用169号署令的有关规定。包括限定的三种货物类型，适用清单申报之日的税率、汇率等关键规定。
特殊监管区域与境内区外之间往来的货物（即通称的“二线”），部分采用169号署令的有关规定。
适用169号署令的范围包括：
（1）备案方式，包括必要的担保。
清单格式，清单的申报、验放、删除、时限和归并方式。
（2）主体资质。2008年颁布实施的《中华人民共和国海关企业分类管理办法》（第170号署令）和《中华人民共和国海关企业分类管理操作规程（试行）》，明确海关特殊监管区域从2008年4月1日开始参照170号署令实施分类管理。海关特殊监管区域和保税监管场所的所有企业将被分成AA类、A类、B类、C类和D类。这样，C类和D类企业同样不得实行集中申报通关方式。
（3）报关单证明联“进出口日期”，以海关接受报关单申报的日期为准。
不适用的范围：
（1）货物的范围，不限于169号署令限定的三类货物。
（2）进出海关特殊监管区域的货物属于许可证件管理的，不得采取集中申报方式。这点与169号署令是不相同的。
（3）税率、汇率适用的日期。特殊监管区域适用的是报关单申报之日的税率、汇率，而不是169署令规定的清单申报之日的税率、汇率。
（4）集中申报的期限。不限于当月必须进行集中申报，只要在次月底前申报即可。169号署令第十三条有一个限制：“一般贸易货物在次月10日之前、保税货物在次月底之前到海关办理集中申报手续。”