2006年4月25日，杭州海关、中信银行和中国电子口岸数据中心签订了《网上支付合作协议》，至此，杭州关区已有10家签约银行可以办理“网上税费支付”业务，企业进行“网上支付”有了更多选择。
“网上支付”业务采用现代网络信息技术，将银行系统、海关系统及中国电子口岸平台系统互联，实现信息流、资金流一站式高效处理，大大提高了通关效率，加强了政府监控，使关税能及时、高效上缴国库。据杭州海关人士介绍，采用网上支付的进出口企业，通过中国电子口岸查询到税费通知后，可在网上发布支付指令，银行接到支付指令后，直接从用户在银行开设的预储账号中划转税费，划转成功后，用户便可直接办理相关通关手续。网上支付不仅让企业的通关时间缩短了，并且保障资金流通的安全可靠。
据悉，自2002年杭州海关作为全国第一批试点海关开展网上支付业务改革以来，网上支付业务飞速发展，越来越多的进出口企业选择以网上支付的方式缴纳进出口货物海关税款。2002年8月至2006年3月，杭州关区通过网上支付共缴纳税款8.29亿元，累计签约企业530家。今后，杭州海关将会进一步扩大网上支付范围，进一步推广网上支付担保措施，进一步方便企业，提高通关效率。