出口加工区、保税区等特殊区域已成为上海高新技术产业的先导区和加工贸易转型升级的示范区。据海关相关负责人介绍，核查系统正是以特殊监管区域独有的围网隔离设施和全天候卡口监管为依托，以区域信息化管理系统为平台，提取企业原始数据，实时比对、顺向演算、缩短核销周期，并与风险管理方法相结合，真正做到“如实申报，据实核销”。
使用中期核查系统以前，海关是通过将生产成品折算成料件的方法，逆向推算进口保税料件的耗料量。但由于特殊区域内企业多为超大型IT企业，料件和产品的数量大、种类杂，产品生命周期短，受客户个性化技术要求影响大，因此单耗备案复杂，变更频繁。
使用中期核查系统后，海关根据企业发送的工单，沿企业生产过程，实时采集原材料、成品、半成品数据，进行顺向计算，用以确定企业实际生产情况，改变了过去每个单耗都要事先备案，以及事中频繁变更的现象，大大降低了企业办理备案和变更手续的工作量。
核查系统的使用还能有效减少企业的申报误差。中期核查系统采集的数据包含了企业生产过程中所有发生变动的工单数据，是企业成本核算、财务记帐和内部控制的重要依据，因此数据更加真实、完整，能够全面反映企业生产的实际耗料量。再加上系统每10天就将企业申报的库存与系统自动计算出的理论库存进行比对，无形间便将从前每半年一次的核销缩短为每10天进行一次，从而有效避免了因核销期限较长而导致的申报误差累积的问题。海关相关负责人告诉笔者，在没有使用中期核查系统之前，企业申报误差率为百分之三，使用系统后，误差率仅为十万分之三。
此外，中期核查系统还能帮助海关对存在涉嫌伪报等问题的“问题工单”进行有效追踪。由于设置了耗料分析功能，系统可以对所布控料件转化为成品、半成品的耗用情况进行跟踪，同时对其涉及到的所有工单进行调阅。当海关对某一张工单产生疑问时，可以在系统中实施布控，企业生产时一旦涉及“问题工单”，系统便会自动提示，海关人员就能立即下厂，到生产线上验证工单的准确性。系统还提供了库存比对的差异预警，一旦误差率超过设置的数值，系统也会自动提示。通过风险管理的方式，让海关监管更加有的放矢。