十一五期间海关将全面提升信息化能力，切实提升应用开发、基础设施、安全运行、规范管理、综合保障等科技应用能力，实现海关科技发展从系统建设为主向能力建设为主的战略转移。

笔者全国海关科技大会上了解到，在“电子海关”应用项目建设方面，海关将在十一五期间全面推广统一的口岸物流和保税物流卡口联网管理等系统，开发应用区域通关、跨境快速通关、物流信息监控、行邮业务信息化管理系统及风险测量系统、作业风险甄别系统，推动通关监管水平的不断提高；全面推广商品归类系统，完善税收分析监控系统，开发海关估价、减免税后续管理等系统，促进综合治税工作；开发应用加工贸易一体化信息系统，推动加工贸易和保税物流监管改革；完善缉私办案系统，整合缉私部门各类数据资源。

而“电子总署”应用项目建设的重点则被确定为：以执法评估系统功能为基础，构建总署风险管理平台；开发完善关税、监管、保税等业务分析监控系统，实现各应用系统信息共享。

在“电子口岸”建设方面，海关将充分发挥职能部门作用，继续做好组织、协调、沟通等工作，加快组建全国统一的电子口岸第三方联合认证机构，扎实推进地方电子口岸建设。积极稳妥地推进口岸通关管理和物流商务服务的信息化，继续开发加工贸易联网审批管理、“一单两报”、外资企业年检、货物进出口管制、进出境旅客行李物品监管、物流运输信息采集共享等业务项目，扩大电子口岸业务应用范围，加快实现大通关主要业务流程在电子口岸的全程贯通。力争用5年左右的时间，把电子口岸建设成为具有一个“门户”入网、一次认证登录和“一站式”办事等功能、集口岸通关执法管理及相关物流商务服务为一体的大通关统一信息平台。

到2010年，海关将基本建立起与智能型海关相配套、与国家信息化建设相适应、与国际先进技术发展相同步，应用广泛、配置合理、功能强大、运行安全的海关科技应用体系，实现海关科技工作科学、高效、安全、协调发展，为提高把关服务能力，高质量地完成党和人民交给海关的各项任务，提供可靠的科技保障。