面对我国加入世界贸易组织“后过渡期”的新形势和保税加工、保税物流发展的新特点，如何从构建资源节约型和环境友好型社会的要求出发，制定加工贸易产业政策和贸易管制措施？如何从继续发展并促进加工贸易转型升级的目标出发，探索实现海关有效监管和高效运作的方法和途径？如何从适应企业即时生产、零库存生产等现代物流发展的需要出发，整合海关特殊监管区域功能，促进产业链和供应链协调发展？
在全国海关保税监管工作会议上了解到，这一系列与我国加工贸易产业发展密切相关的问题将是今后海关保税监管工作解决的重点，全国海关将建立健全新型保税监管体系。
改革开放以来，随着我国加工贸易的迅猛发展，加工贸易产业已经成为进出口贸易的“半壁江山”，是推动我国产业结构升级和促进经济增长的重要力量，也是海关监管的主要贸易方式之一。仅2002年至2005年，海关监管加工贸易进出口总值就从3021.5亿美元增长到6905.11亿美元，年均增长率25.7%，占国家外贸进出口总值48.7%，为国家经济社会发展作出了重要贡献。
近年来，海关保税监管工作随着加工贸易产业链条的不断延伸，通过不断深化改革，以“信息围网”和“物理围网”为特征的保税加工新型监管模式已初具雏形。到2005年底，保税区、出口加工区等和加工贸易联网企业加工贸易进出口值对全国保税加工进出口的综合覆盖率达63.52%，其中联网监管企业达2637家，对全国保税加工进出口总值的覆盖率达到50.12%；以区港联动、保税物流中心为代表的新型保税物流监管制度开始实施，目前国务院批准设立的8个保税物流园区（区港联动）已全部通过验收并封关运作，并设有保税仓库656家，出口监管仓库70家。去年底，洋山保税港区正式启用，成为海关保税监管制度新的应用典范。刚具雏形的新型保税加工监管模式的运行伊始即在海关综合治税大格局中显现了突出作用。2005年，全国海关保税监管渠道和环节内销征税674.6亿元，占全年海关税收的12.8%，其中保税加工货物内销征税187亿元,同比增长59.8%，为超额完成海关税收任务作出了重要贡献。
但传统的“重合同管理，轻企业管理”、“重审批管理，轻核查管理”、“重产业链管理，轻供应链管理”的保税监管模式和加工贸易发展的实际需要、海关保税监管业务日益增长与监管资源相对不足的矛盾依然突出，尤其是党的十六届五中全会及国家“十一五”规划，都对加工贸易发展提出了要求，各地政府和企业对建立新型保税物流产业的改革要求相当强烈，全国各地掀起了保税物流新一轮热潮，传统保税监管模式亟待改革。
海关总署认为：“只有监管的转型升级，才能适应和促进加工贸易的转型升级，这是今后海关保税监管改革的逻辑起点和落脚点。”为此，海关总署将从今年开始有计划、分步骤地推进保税加工和保税物流监管改革，加快建立新型保税监管体系。作为全面启动海关保税监管改革工作的“路线图”和“时间表”，《海关保税加工和保税物流监管改革分步实施方案》规定：用2-3年左右的时间，进一步明确与保税监管相关的各部门的职责分工，完善保税监管的相关政策制度，建立完整的工作程序和标准，采用高新技术手段，实施风险式的海关监管，加大工作考核力度，协调各地区各部门共同推进，形成海关保税监管的整体功能。《分步实施方案》要求完成的基本任务是：完善项目管理机制、健全保税监管领域风险式管理机制、建立保税监管信息化管理机制、建立健全立法执法机制和建立快速反应的应急机制。