2006年，上海海关协助上海市政府吸引大型微电子、先进装备制造业等国家鼓励项目投资，支持跨国公司总部、研发中心等重点项目落户，支持上海重大工程建设和要素市场发展，有力促进了上海产业结构升级和经济增长方式转变。上海海关认真完善通关作业改革，推进口岸“大通关”工程，提前报关、无纸通关等试验项目得到落实和推广；积极组织实施长三角和长江流域的区域通关改革，有效提升了上海口岸的集聚、辐射和服务功能；主动支持促进洋山保税港区发展和上海航空枢纽港建设，推动上海国际航运中心建设和外贸健康发展；制定实施支持浦东综合配套改革九项措施，主动配合2010年上海世博会筹办，为上海新一轮开发开放提供助力。2006年，上海海关监管进出口货物总值4287亿美元，集装箱1585万标箱，办理转关货物总值731亿美元。全年税收净入库1286亿元，增长12.92%，占全国海关净入库额的21.08%。全年共立案查处走私违规案件2148起，案值11.54亿元。

   2007年，上海海关将加大区域通关改革力度，主动发挥长江流域区域通关改革牵头单位的作用，扩大跨关区“属地申报、口岸验放”试点，推动改革向长江流域和中西部地区推进，服务国家区域发展总体战略。同时，上海海关还将探索建立以武汉、重庆等港口为转运枢纽、分流进出口货物的转关运输体系，扩大上海口岸的辐射半径。