商品归类体系包括海关或海关联盟内部的人员或部门，这些人员和部门根据以协调制度为基础的税则和统计目录作出归类决定。
这种商品归类体系应包括足够的、具有明确职能和责任的海关归类专家。海关归类专家是具有特别归类技能、知识和经验的海关关员，这些包括实际和理论两方面。他们不仅能解释协调协调制度目录，而且能通晓与之相关的政策。这种专家既能解决归类问题，又可以就归类问题向政府部门和公众提供建议和咨询。
归类工作需要辅助资料作为参考，归类专家更是如此。首先，必须为所有的海关归类人员提供税则，同时，还需要提供与之配套的本国注释和《协调制度注释》，以便对本国税则和协调制度进行解释。本国税则和协调制度及目录是具有法律效力的文本，《商品归类意见汇编》、本国归类裁定和指导性原则、商品归类数据库和技术文献也是归类工作所需的重要资料。在发达国家的海关，任何归类人员可以电子的方式获得这些参考资料（如，HS商品归类数据库）。
二、总部：归类委员会和归类中心
商品归类工作需要在海关或经济联盟总部的统筹协调下进行。例如，这种统筹协调的职能可以通过商品归类委员会来执行。归类委员会通常解决由归类争议引起的疑难问题，或者是区域/地方海关和归类中心不能解决的归类问题。在某些海关，委员会成员既可以来自总部，也可以来自区域或地方海关；而有的委员会其成员独立于具体归类部门之外，仅受总部调遣。委员会可以听取商界的相关政府部门的意见。
委员会应定期召开会议解决归类疑难问题。根据WCO秘书处掌握的资料，并非所有的海关都成立了商品归类委员会，一些海关还没有这方面的概念，也有一些仅仅停留在纸面上。WCO秘书处积极提倡海关建立商品归类委员会，委员会不仅为解决归类争议提供了方法，避免了因这些争议而求助于司法途径，同时，也为成员相互促进、相互学习提供了良好的环境。成立委员会将促进商界和海关的对话、提高商品归类的统一性，并为海关管理提供了技术性的建议和支持。
海关总部可以成立归类中心以保证关境内统一执行商品归类决定。归类中心除了基本职责外，重点应向下属海关提供指导，同时还应向高层管理部门（如，归类技术委员会等）提供技术性意见，包括争议的解决等问题。归类中心应由专家组成，这些专家应按商品和协调制度章节进行划分。
在海关联盟中，应在成员的总部成立区域海关中心，以便协调下属海关和总部的归类工作。
总部应具有以下功能：
——审查区域/地方海关提交的归类问题，接受商界提交的预归类申请，并发布归类裁定以保证关境内商品归类的统一；
——对税则和相关的归类资料进行更新；
——收集并更新汇总与商品归类有关的数据，如建立商品归类数据库，并将汇总后的信息数据提供给海关和商界；
——向公众和商界公开月属性归类信息和归类数据；
——作为联系WCO和协调制度委员会的桥梁，推进协调制度委员会归类决定的实施；
——就商品归类方面，与其他还关和海关联盟保持联系；
——与相关政府部门和与目录有关的关税、统计等办事机构进行沟通；
——和生产部门、科研机构、大学等密切联系，以便与技术、贸易方式的变化保持同步；
——统筹安排协调制度的相关培训。
海关总部的汇总信息，如涉嫌或已知的归类瞒骗事例、或经常发生归类差错的商品信息等，对海关关员的风险管理非常有帮助。许多海关在海关总部设有专门机构负责数据的收集、分析，并向海关发出相关信息和情报。该机构还负责收集情报和调查涉嫌犯罪（包括商业瞒篇），就相关问题可与有关海关、区域或国际组织进行磋商。
需要指出，缺少商品数据将导致商品归类的差错，使海关之间产生不一致的归类决定，进而造成税收的流失。这些问题将引起归类争议，延长通关时间，给海关和相对人造成不必要的损失，还可能减少政府的税收。
三、区域或地方海关
区域海关或重要的口岸海关，是进行关税征收和商品归类实际发生的场所，因此，必须建立以下部门：
（一）商品归类部门：由归类专家组成，其职责是为审单部门提供建议、发布预归类决定，并就有关问题联系总部和归类中心。
（二）审单部门：职责是处理日常的归类工作。在重要的口岸海关，该部门可以按照工业部门或协调制度章节进行划分。当产生归类争议或疑难问题时，应将问题提交归类部门征求意见。
（三）风险布控部门：其职责是对涉嫌商业瞒骗或高风险申报以及经常发生归类差错的商品进行布控。为达上述目的，需要制定高风险商品目录，进行筛选仓单、收集情报、持续监控和维护进口商有关资料等工作，并将分析结果及时通知审单部门和后续稽查部门。为保证风险布控的有效性，风险布控部门应建立在海关总部。
（四）后续稽查部门：其职责是基于风险布控和随机筛选对商品归类进行检查。稽查可以在海关进行，也可以在进出口商的所在单位进行。后者可以方便地得到公司全面的记录和了解其经营情况，因此稽查效率较高。稽查的内容包括：核查、对比已经清关商品的归类，审查进出口公司的行为以发现潜在的海关犯罪。
（五）档案部门：其职责是将总部、区域/地方海关的每一个商品归类决定完整无缺地记录下来。